ステントグラフト治療の適応は、内挿に際しての解剖学的条件が整っていることで、その要は動脈瘤前後に正常な血管が十分にあり動脈瘤の屈曲が強くないということですが、詳細な数値に関してはステントグラフト製品により異なります。

治療の医学的禁忌としては、ステンレススチール、金、はんだ(すず、銀)、ポリエステル、ポリプロピレンに対する過敏症、高度の造影剤アレルギーが上げられます。　その他、妊娠または授乳中、制御不能の血液凝固障害、全身性の感染症などが原則禁忌となります。

ステントグラフトの使用承認に際して厚生労働省は医師向けの添付文書に注意喚起文を記載しています。

現在のところ、外科手術を比較的安全に行うことが可能な患者さんについては、人工血管置換術が第一選択の治療法であると。　外科手術では何らかの危険性が懸念される場合、または患者さんご本人が外科手術を望まれない場合においては、ステントグラフト治療選択が妥当と考えられています。

合併症として特に問題となるのは、ステントグラフトがずれたり、グラフトから血液が漏れたりする可能性があることで、動脈瘤に再び血圧がかかり治療目的が失われます。その場合には、新たなステントグラフトの追加、もしくは従来の外科手術が必要となります。